Thanh Hóa: Truy thu thuế không đúng luật, Cục trưởng Cục Thuế bị thua kiện

Theo hồ sơ, năm 2010, Tổng Công ty bất động sản Đông Á (Công ty Đông Á) thực hiện Dự án khu đô thị mới ven sông Hạc trên tổng diện tích 370.900 m2 theo hình thức đổi công trình hạ tầng lấy đất.

Công ty Đông Á đã hạch toán vào giá vốn bất động sản đầu tư, các chi phí đầu vào được Công ty kê khai, khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng. Khi bán bất động sản, Công ty Đông Á ghi nhận doanh thu từ chuyển quyền sử dụng đất và doanh thu xây dựng cơ sở hạ tầng.

Quá trình kiểm tra, Cục Thuế Thanh Hóa lại tách thành hai hoạt động trong cùng một dự án có tính chất đặc thù để thu thuế phần bất động sản là không hợp lý, dẫn đến trùng lặp doanh thu chịu thuế VAT.

Nhận thấy việc làm của cơ quan thuế là bất hợp lý, Công ty Đông Á đã làm đơn khiếu nại gửi Cục Thuế Thanh Hoá. Tuy nhiên, đơn vị này phớt lờ ý kiến chính đáng của doanh nghiệp.

Để đòi quyền lợi hợp pháp, ngày 12/12/2017, Công ty Đông Á gửi đơn khiếu nại tới Tổng cục Thuế. Ngày 24/5/2018, Tổng cục Thuế đã có quyết định công nhận một phần nội dung trong đơn khiếu nại của Công ty Đông Á là đúng. Đồng thời yêu cầu Cục Thuế Thanh Hoá có trách nhiệm điều chỉnh Quyết định xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính qua thanh tra việc chấp hành pháp luật về thuế đối với Công ty Đông Á.

Mặc dù Tổng Cục thuế đã có văn bản hướng dẫn nhưng Cục thuế Thanh Hóa vẫn "Chống lệnh". Ngày 3/3/2019, Công ty Đông Á đã khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án nhân dân tỉnh Thanh Hoá đối với Cục trưởng Cục Thuế Thanh Hoá Ngô Đình Hùng.

Ngày 9/8/2019, TAND tỉnh Thanh Hoá đã mở phiên toà xét sử sơ thẩm vụ án hành chính nói trên. Tuy nhiên, sau khi kết thúc phần tranh luận, Hội đồng xét xử sơ thẩm đã quyết định hoãn phiên tòa vì liên quan đến dự án của UBND tỉnh Thanh Hóa cấp, Tòa cần có thời gian lấy thêm tài liệu của UBND tỉnh.

Ngày 24/9/2019, Tòa án nhân dân tỉnh Thanh Hóa đã mở lại phiên toà xét xử sơ thẩm công khai vụ án khởi kiện hành chính nêu trên. Căn cứ hồ sơ, tranh tụng tại phiên tòa, Hội đồng xét xử chấp nhận yêu cầu của Công ty Đông Á về việc hủy 1 phần Quyết định số 12 ngày 4/1/2019 của Cục trưởng Cục Thuế Thanh Hoá. Huỷ việc phạt hành vi khai sai dẫn tới thiếu số tiền thuế giá trị gia tăng và thu nhập doanh nghiệp phải nộp là hơn 619 triệu đồng; truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp 1,62 tỷ đồng; số tiền chậm nộp thuế giá trị gia tăng hơn 500 triệu đồng, số tiền chậm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp 314 triệu đồng...