Giải mã bộ gen để xác định nguồn lây nhiễm SARS-CoV-2 trong bệnh viện

Theo đó, nhóm nghiên cứu đã kết hợp dữ liệu dịch tễ học với WGS để hiểu sâu hơn về nguồn gốc và phương thức lây truyền virus SARS-CoV-2 tại 03 bệnh viện ở miền nam của Hà Lan, đây là những bệnh viện đầu tiên xác định có bệnh nhân mắc COVID- 19 ở Hà Lan. Nghiên cứu đầu tiên sử dụng WGS để phân tích khả năng lây truyền SARS-CoV-2 trong bệnh viện. Nhân viên y tế trong bệnh viện mắc COVID-19 có thể do nhiều bối cảnh khác nhau: bị lây nhiễm khi đi du lịch nước ngoài, bị lây nhiễm qua tiếp xúc với cộng đồng hoặc bị lây nhiễm qua bệnh viện.

Phân tích dữ liệu về dịch tễ học kết hợp với sự hiện diện của các loại virus giống hệt nhau ở cả 03 bệnh viện trong lô nghiên cứu và các trường hợp không nhập viện ở các địa điểm khác nhau, cho thấy tại Hà Lan đã có sự lây truyền rộng rãi trong cộng đồng ngay trong giai đoạn rất sớm của đợt bùng phát dịch COVID-19. Các cuộc tụ tập đông người, như các lễ hội, trong đó có đến gần 2/3 nhân viên y tế có kết quả xét nghiệm dương tính với SARS-CoV-2 đã tham gia, có thể đóng vai trò như những sự kiện siêu lây lan tại những địa phương này.

Tại Hà Lan, theo nhóm nghiên cứu, nhân viên y tế có nhiều nguy cơ tiếp xúc với virus trong bệnh viện, nhưng cũng chính nhân viên y tế có thể là nguồn lây truyền khi chính họ đã đưa virus vào bệnh viện. Nhân viên y tế bị nhiễm SARS-CoV-2 có thể gây ra ảnh hưởng đáng kể, vì mầm bệnh được đưa vào các cơ sở nơi có nhiều người mắc bệnh đi kèm, từ đó có khả năng gây bệnh và tử vong cao. Công trình nghiên cứu này không tìm thấy bằng chứng về sự lây truyền trong bệnh viện với quy mô lớn trong giai đoạn đầu của đợt bùng phát dịch ở Hà Lan.

Từ trước đến nay, các vụ bùng phát dịch ở các cơ sở y tế thường được điều tra bằng phương pháp chẩn đoán phân tử kết hợp với dữ liệu dịch tễ học. Tuy nhiên, việc sử dụng WGS để điều tra ổ dịch trong bệnh viện đã chỉ ra rằng các giả thuyết về đường lây truyền của virus có thể không chính xác nếu chỉ dựa trên những dữ liệu chẩn đoán phân tử và dịch tễ học. Nếu thêm dữ liệu WGS, nhất là khi kết quả được tạo ra một cách kịp thời và có đủ trình tự tham chiếu để phát hiện, phân tích trình tự gen có thể cung cấp thông tin cần thiết và cung cấp các biện pháp kiểm soát lây truyền tiếp theo. 

Tỷ lệ đột biến của SARS-CoV-2 được ước tính là khoảng 1.16 × 10^-3 lần thay thế ở mỗi vị trí mỗi năm, tương ứng với một đột biến cứ sau mỗi 2 tuần. Do đó, việc tìm kiếm các trình tự gen giống nhau hoặc gần giống nhau và sẽ khó đưa ra được kết luận chắc chắn về việc lây truyền bệnh trực tiếp từ nhân viên y tế đến nhân viên y tế hoặc từ nhân viên y tế đến bệnh nhân nếu chỉ dựa trên dữ liệu trình tự gen trong giai đoạn khởi phát của dịch COVID-19, thời điểm mà sự đa dạng về di truyền học của virus là không đáng kể.

Với phân tích dữ liệu dựa vào WGS, nhóm nghiên cứu đã diễn giải nguồn gốc lây nhiễm trong bệnh viện một cách thận trọng hơn. Việc tìm thấy các chùm ca bệnh đa dạng về trình tự gen đã không loại trừ sự lây nhiễm chỉ từ một nguồn. Theo kết luận của nhóm nghiên cứu, sự đa dạng bộ gen được ghi nhận qua nghiên cứu phù hợp với các trường hợp mắc phải tại cộng đồng trước đó và một số sự khuếch đại tại chỗ có liên quan đến các sự kiện xã hội cụ thể trong cộng đồng, chứ không phải do lây lan rộng rãi trong bệnh viện.

Mặc dù không thể loại trừ việc lây truyền trực tiếp trong bệnh viện, nhưng dữ liệu nghiên cứu đã không ủng hộ giả thuyết lây truyền rộng rãi trong bệnh viện từ nguồn lây nhiễm ở bệnh nhân hoặc nhân viên y tế trong nghiên cứu này. Do kết quả giải trình tự cả bộ gen WGS mang tính thời gian thực, nên kết quả đã nhanh chóng chia sẻ cho các nhà quản lý ổ dịch tại Hà Lan. 

Dựa trên những dữ liệu của nghiên cứu này, các nhà chức trách đã kết luận COVID-19 đã lây lan trong dân cư ở tỉnh North Brabant, từ đó dẫn đến sự thay đổi chính sách về phòng chống dịch ở địa phương này, trong đó các biện pháp ngăn chặn được hoàn thiện bằng các biện pháp giữ khoảng cách vật lý có mục tiêu, bắt đầu ở phía nam của Hà Lan và sau đó lan ra cả nước.

 Tại Việt Nam, trên cơ sở kết quả thu được, có căn cứ để xác định các mẫu bị nhiễm vào khoảng đầu tháng 7 và ổ dịch ở Đà Nẵng khởi phát vào đầu tháng 7-2020. Qua phân tích gen của virus gây bệnh trên các bệnh nhân có thể khẳng định đây là nguồn mới xâm nhập, từ 1 điểm phát ra, tập trung ở 3 bệnh viện tại Đà Nẵng...

 Theo GS.TS Nguyễn Thanh Long, Quyền Bộ trưởng Bộ Y tế, qua phân tích gen của virus gây bệnh trên các bệnh nhân, có thể khẳng định đây là nguồn mới xâm nhập, từ 1 điểm phát ra (khu 3 bệnh viện ở Đà Nẵng). Do virus lần này đã đột biến, dẫn tới tình trạng lây nhiễm trong gia đình, lây nhiễm chéo cao.

Căn cứ những diễn biến mới về tình hình dịch bệnh tại Quảng Nam, tới đây Bộ Y tế sẽ tập trung chỉ đạo, hỗ trợ chống dịch cho Quảng Nam như đã làm với Đà Nẵng. Bộ Y tế sẽ tiếp tục “tăng quân” vào khu vực này, để đẩy nhanh hơn nữa tiến độ truy tìm các trường hợp lây nhiễm trong cộng đồng để kịp thời cách ly, khoanh vùng, dập dịch, nhanh chóng kiểm soát tình hình, giảm thiểu tối đa tử vong.